明思宗（朱由检）崇祯十二年（公元1639年）农历六月，朝廷考选科道左懋第等、给事中詹时雨等、试御史吴昌时等及各部主事。内阁票拟考选结果，吴昌时排名首位，可升入吏部任职。奏疏呈上，朱由检亲自重新排定先后次序，他表示对吴昌时了解不够，最终，吴昌时任职礼部主事一职。没有获得自己想要的职位，吴昌时认为，这是首辅薛国观在背后操弄的结果，于是，他对薛国观大为痛恨。
崇祯十四年（公元1641年）春，农历正月初一日，前内阁首辅、文渊阁大学士薛国观因遭受弹劾而上奏道：
“刑科给事中袁恺捏造罪名，对臣进行弹劾，这一切，全是出于礼部主事吴昌时的主意，乞请皇上推究本原。”
对于薛国观的上奏，朱由检没有听取。
本年农历八月初八夜，朱由检赐死薛国观、诛杀薛国观任用的中书舍人王陛彦；同时，还籍没了他们的家产。
受死之前，薛国观还说是：
“吴昌时杀我！”
薛国观被杀之后，朝廷追回赃银九千两、没收其田地六百亩、售卖其宅第获银八百两。
最初，以王陛彦行贿为由，薛国观免了他的官职。
当日，薛国观先命人在王陛彦的官署伺探，候他前来办公，待其达到，便对他进行捉拿，后下入大狱。
王陛彦是吴昌时的外甥，临刑之前，他呼唤道：
“这都是舅舅的作为，我若这么向外说话，就是连累名教了。”
当时，薛国观之事由东厂发起，因种种情由、斑斑牵扯，所以，都说是吴昌时开启事端的。
在此之前，也就是本年农历四月的时候，朱由检征召前大学士周延儒、张至发、贺逢圣入朝。张至发推辞不出；贺逢圣出发不久，因病告归；最后，只有周延儒入朝。至本年农历九月十三日，周延儒朝见皇帝，朱由检仍然命他值守文渊阁。
据载，周延儒之所以能够复出，也是运作的结果，参与其中的，就有吴昌时：
在此之前，丹阳监生盛顺及虞城侯氏一起搜聚钱财共十万缗，纳贿于太监曹化淳、王裕民、王之心等人，投机钻营，谋求起复周延儒。当时，曹化淳等人回复，让他们稍等。大约过了一年，因工部主事吴昌时家中最为富有，由他私人再次出资十万缗，让进士周仲琏悄悄送到前中和殿大学士冯铨家中，偷偷私通内官。最终，周延儒果然得以被朱由检征召起用。因为这期间吴昌时用力居多，所以，周延儒对他深为感激。
崇祯十五年（公元1642年），行人司副熊开元上请朱由检对自己进行单独召对。熊开元进入德政殿之后，请求皇帝屏退内阁大臣。当时，在场的周延儒自请退避，朱由检不予准许。如此，熊开元只能硬着头皮上奏，因为他所奏的内容，大都指向周延儒。听完熊开元的上奏之后，朱由检命令他补写折子，正式上疏。出朝之后，熊开元奉命备文，分条陈述周延儒之过。时任礼部仪制司主事的吴昌时极力劝阻熊开元，不可如此行事，熊开元没有听从。熊开元上疏之后，因朱由检此时还比较信任周延儒，所以，他认为熊开元诋毁内阁大臣，目的是为了让自己孤立无依，于是，便命令对熊开元施以廷杖，将其交镇抚司惩办。
崇祯十六年（公元1643年）农历三月初四日，礼部主事吴昌时改任吏部文选主事、代理郎中职务。
吴昌时能得此任，其中也有关节：
吴昌时喜欢结交，与司礼太监王化民等暗中往来，他想要通过内廷关系，转往吏部任职。首辅周延儒曾极力向朱由检推荐吴昌时，并嘱托吏部尚书郑三俊予以协助。为此，郑三俊还曾向同乡、刑部尚书徐石麒询问过吴昌时的为人。徐石麒回答说是：此人是个君子。于是，郑三俊便向朱由检推荐了吴昌时。不过，徐石麒之所以说吴昌时的好话，并不是吴昌时真有多好，而是因为徐石麒对吴昌时的心机太重心存畏惧罢了。这中间的内情，郑三俊并不知晓。因为后来吴昌时的结局狼藉，郑三俊一生的清誉，遂为吴昌时所累。
随后，按照惯例，对给事中范士髦等四人、御史陈荩等六人进行了迁转。此前，循例迁转之时，一般都是六科给事中一人、都察院各道监察御史二人。这一次，科转四人、道转六人，都是在吴昌时的主持下进行的；吴昌时之所以特意扩大迁转科道官员的数目，其目的就是要胁迫中枢，使自己所在的衙门成为驱除官员的场地。
本年夏，农历四月初二，御史祁彪佳上疏，弹劾吏部文选司郎中吴昌时紊乱制度、藉职弄权。山东道御史徐殿臣、贺登选一同上疏，弹劾吴昌时。
农历五月十四，因为推荐吴昌时的缘故，吏部尚书郑三俊被弹劾，遂引咎辞官。
同月，大学士周延儒被免职还乡。
农历六月二十六，兵科给事中郝絅又上疏弹劾吏部文选司郎中吴昌时、礼部祠祭司郎中周仲琏窃权附势、纳贿行私，是周延儒的干儿子；说是内阁票拟，事关国家机密，他们却事事都先知道；总之，周延儒私欲膨胀、刚硬不足，其智力足以掩饰自己的过错，但其忠诚却不能为国家谋划；对于忠直的官员，周延儒虽然会进行支援回护，但是之后实际会疏远他们；见到奸邪谄佞之人，周延儒虽轻视怠慢，但是之后实际对他们很是亲昵；正因为这样，周延儒才辜负了皇上的知遇之恩，耽误了国家的封疆之事：如果说，周延儒是天下的罪人，那么，吴昌时、周仲琏就是周延儒的罪人了。
农历六月二十九，御史蒋拱宸、何纶各自上疏，弹劾吴昌时贪婪奸险，所为不法。
蒋拱宸的上疏之中，言及吴昌时“通内”一事。“通内”，这是朱由检最为忌讳的事情；对此，他自然愤怒不已。于是，朱由检下令，将吴昌时除名，听候审讯。
本年秋，农历七月二十四，朱由检召集府部九卿科道官员，亲自在中左门审讯吴昌时。当日，朱由检角素，他还带领皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯一同审讯。
朱由检喝呼吴昌时近前，诘问其串通内官，声色俱厉。
吴昌时辩解道：
“按照祖宗的礼制，凡是朝官结交内侍，都会予以处斩，法度极其森严，臣虽不才，怎么可能触犯这样的律条呢？”
朱由检传唤蒋拱宸与吴昌时当面对质。
蒋拱宸上来之后，颤栗不止，匍匐在地上，说不出一句话来。
对此，朱由检更加愤怒，喝叱蒋拱宸退下。
其实，朱由检心中已有定见，呼唤蒋拱宸上来，不过是做做样子罢了；至于蒋拱宸能不能和吴昌时对质，其实已经不重要了；所以，也就不需要等蒋拱宸真正地对质了。
尽管朱由检如此，吴昌时始终没有因为皇帝的威势而屈服，他说是：
“如果皇上一定要用这些事情来判臣入罪，臣又哪敢违抗圣上之意呢？臣自然应当承受。如果皇上想要让臣受屈招认，那么，臣实在无法做到。”
于是，朱由检下令，让内侍对吴昌时动用刑具。
此时，内阁大臣蒋徳璟、魏藻德出班上奏：
“御殿陛阶之上，从来没有动用刑具的先例，伏请皇上将吴昌时交付法司究办审讯！”
朱由检说是：
“这一类的奸党，神通广大，钻天入地，无所不能，如果让他离开这里三尺以外，谁又敢按照法令秉公审问他们呢？”
蒋徳璟、魏藻德继续上奏道：
“御殿陛阶之上动用刑具，实在是三百年未有之事。”
朱由检说是：
“吴昌时这厮，也是三百年未有之人。”
这里所说的“三百年”为虚数，明朝自洪武元年（公元1638年）朱元璋立国以来，至此崇祯十六年（公元1643年）即将崩塌，首尾共276年。
朱由检说完之后，蒋徳璟、魏藻德一时语塞，只能叩头回班。
接着，内侍便对吴昌时施以夹棍之刑，结果，吴昌时的两条小腿全部被夹断，他昏迷不醒，不省人事。这样，朱由检才下令，将吴昌时打入锦衣卫大狱。此时，吴昌时已经无法行走，他是被锦衣卫的差役背出去的。
见到其时执掌锦衣卫的骆养性，吴昌时说是：
“请动用刑罚。”
骆养性说是：
“你刚受完刑，尚且不省人事，待后再审。”
几天之后，锦衣卫对吴昌时进行审讯，过程和朱由检审问时差不多，吴昌时没有半点受屈招认的意思。于是，锦衣卫又对吴昌时的两位家人动用大刑；这两位家人始终也没有招供什么。
后来，朱由检下旨：
“将吴昌时送往法司处置。”
此时，大家都以为，送往法司审讯之后，吴昌时或许已经有了生机。
同时，朱由检还下令逮押蒋拱宸。
很快，朱由检也召还周延儒，命其听候审讯。
到了本年农历十一月（一说十二月），朱由检下令，诛杀前督师范志完、总督赵光抃、吏部文选司郎中吴昌时。随后，周延儒也被朱由检勒令自尽。
起初，吴昌时因为无法任职于吏部，而厌恶大学士薛国观、佥都御史陈乾旸，于是，便用计陷害他们。后来，吴昌时依附周延儒，随心所愿，就职于吏部，威势很盛，朝中百官为之屏息，结果，他竟然因此而殒身。
崇祯十七年（公元1644年）农历二月，朱由检下旨刑部：
没收吴昌时、周延儒的家产，充作军饷。
又下谕：
周延儒见贿忘法，本当将其家产全部没收，限追缴十二万即可；吴昌时限追缴五万即可。
本年农历三月，李自成攻入京城，朱由检吊死煤山，明亡。
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