所谓“遗民”，指改朝换代之后仍然效忠前朝的人。史书记载最早的遗民，当属商周之际的伯夷叔齐兄弟。武王灭商后，伯夷叔齐不愿效忠周朝，二人选择饿死在首阳山，成就一段美名。遗民这个群体以士大夫居多，因为他们作为知识分子，其正统意识是要比寻常百姓更加强烈的。
该群体的出现还是在南宋灭亡以后，这时程朱理学已经兴起，君臣之间的纲常上升为“天理”，朱熹说：“君臣父子之大伦，天之经、地之义，而所谓民彝也。故臣之于君，子之于父，生则敬养之，没则哀送之，所以致其忠孝之诚者，无所不用其极，而非虚加之也。”而他们与少数民族王朝之间文化上的冲突，进一步加深了遗民情绪。
到了明清之际，斗争更加激烈，士大夫们积极参加反清复明运动。失败后，他们中有一些人仍不愿意屈从，誓不剃发，就隐姓埋名：有的著书立说；有的遁入空门；有的东渡日本、客死他乡。但也有一些人在怀柔政策下归顺了新朝。
“遗民”不但是一种政治态度，而且是一种价值立场、生活方式、情感状态。遗民们既不愿屈从于满清，也看透了南明的无可救药，却又觉得枉死是一件不值得的事。武装斗争不能成功，他们就寄希望于手中的笔，通过著书立说来为后世留下文化延续的种子。
正如黄宗羲在《明夷待访录·题辞》中的自白：“昔王冕仿《周礼》，着书一卷，自谓‘吾未即死，持此以遇明主，伊、吕事业不难致也’，终不得少试以死。冕之书未得见，其可致治与否，固末可知。然乱运未终，亦何能为‘大壮’之交！吾虽老矣，如箕子之见访，或庶几焉。岂因‘夷之初旦，明而末融’，遂秘其言也！”
1650年11月明清战争形势。
“天下为主，君为客”思想就是黄宗羲提出的。
黄宗羲以王冕的事例为引，自己虽然老迈，但也不能就这么死了，希望留下些什么让后人受益。南明被消灭后，黄宗羲不得不返回浙江老家侍奉母亲，他以明朝遗老自居，拒不接受满清的征召，为此多次遭到通缉。祸不单行的是，他的两处故居也都遭遇了火灾。
半生滨十死，两火际一年，黄宗羲的遗民生活充斥着穷困潦倒，《明夷待访录》正是在这种环境下成书的。所谓“明夷”，暗主在上，明臣在下，不敢显其明智。实指黄宗羲在艰难中自晦其明、坚守正道，并期待着转衰为盛、重见光明。
黄宗羲同时代的思想家顾炎武说：“读了这部书，可以知道过去历史上所有帝王制度的弊端。”
与之齐名的思想家王夫之同理，晚年的他在衡阳石船山麓定居，潜心从事著述，生前也为自己撰写了墓志铭以明志：“有明遗臣行人王夫之，字而农，葬于此。”在《读通鉴论》中，他赞赏孔鲋藏书是“以无用储天下之用”，认为所谓君子之道，是为成为对天下有用之人做好充分的准备，而不是追求被天下任用。他还以宁武子之事称赞道：“其愚不可及也。”意在效仿宁武子的大智若愚，在满清统治下竭力保全自己，以备将来之大用。
落发为僧也是一大途径，每逢乱世，寺庙作为方外之地总能成为人们的庇护所。这种行为又称作“逃禅”，目的很简单，就是为了逃生。“僧之中多遗民，自明季始也。”遗民出家历朝都有，但大批遗民出家，确实是明清之际的特色，背后有着深刻的时代背景。顺治二年（公元1645），满清颁布残酷的剃发令，但僧人可以例外。遗民们不全是黄宗羲王夫之那般善于斗争、意志坚定，作不剃发的遗民，即使是逃进深山，也要被人告发的风险。逃禅，显然是更为安全的方式。
以“反清复明”为口号的天地会由僧人郑洪二在福建创立的，他们白天诵经礼佛，夜间聚众赌博，预谋起事。
士大夫们出家，是从儒家转向了佛教，必然要经历价值观冲突带来的痛苦。归有光之曾孙，遗民归庄描述了这些人的情非得已，他自己也是其中之一：“二十余年来，天下奇伟磊落之才，节义感慨之士，往往托于空门；亦有居家而髡缁者。岂真乐从异教哉？不得已也！”所以逃禅的遗民们，绝大多数都是亦儒亦佛，并不甘心就这么出家了。例如绍兴人祁班孙，为躲避满清追捕而逃禅，后在常州马鞍寺住持，号咒明林大师，好议论古今，不谈佛法，每语及先朝，则掩面哭。
当然就会有人还是不能接受佛教而还俗，例如岭南三大家之一的屈大均。顺治七年（公元1650），清军攻陷广州，屈大均之父惨遭杀害，无力报仇的屈大均不得不逃禅求生。出家后的他从来没忘过国仇家恨，哭拜过崇祯帝，祭拜过明孝陵，与其他反清复明的遗民们过往甚密，这和不问世事的僧人形象大相径庭。尽管他也云游到其他的寺庙，被奉为座上宾，但也许讲的压根不是什么佛法，而是些反清复明的东西。
屈大均的前半生致力于反清运动，郑成功之孙郑克爽降清后，屈大均大失所望，即由南京携家眷归番禺，终不复出，著述讲学。
屈大均专门写了一篇《归儒说》，自白道：“二十有二而学禅，既又学玄。年三十而始知其非，乃尽弃之，复从事于吾儒。盖以吾儒能兼二氏，而二氏不能兼吾儒，有二氏不可以无吾儒，而有吾儒则可以无二氏云尔。故尝谓人曰，予昔之于二氏也，盖有故而逃焉，予之不得已也。”在他看来，佛道的价值观终究不能与儒家共融，真出家了就意味着老母无人奉养。孝道是传统文化的一大核心，因为出家而不孝在士大夫们的心中更如刀绞。康熙元年（公元1662），33岁的屈大均返乡省母，最终选择了还俗。
对遗民们来说，满清入关不仅使得现实上的家园毁于战火，诸如剃发令等政策还意味着文化遭到摧残的威胁，浪迹天涯成为遗民生活的又一种常态。更有绝望者就干脆离开中原，不履清土，这些人多数是东渡去了日本。
南明为了能长久抗清，不断派遣使节向日本求援，并且保持着密切的贸易关系，郑芝龙郑成功父子正是通过贸易从日本获得铅、铜、武器等战争物资。顺治八年至十八年（公元1651-1661），郑成功等人的军队与清军相持，为遗民东渡赢得了窗口期。士大夫、商人、僧人或是乘坐走私者的商船，或是乘坐郑成功军的舰船，陆续到达日本。
台南郑成功像。
遗民们能顺利抵达也离不开江户幕府的接纳。尽管日本也是闭关锁国，但更多还是为了提防欧洲商人传播天主教，对中国的僧侣与士大夫，幕府倒是大开绿灯、礼遇有加。因为儒家和佛教的文化，正是日本人积极吸纳交流的。明遗民朱之瑜，后改名为“舜水”，在《上长崎巡揭》中点出了这个原因：“侧闻贵国敦诗书而尚礼义，是以不谋家人，遁逃至此。”对日本文化影响最为深远的，佛教的代表是隐元禅师，儒家的代表则是朱舜水。
鲁迅先生的《藤野先生》里有：“其次却只记得水户了，这是明的遗民朱舜水先生客死的地方”。图为日本朱舜水塑像。
隐元禅师林隆琦在东渡之前就已名扬天下，也传到了日本。长崎兴福寺是我国僧人所兴建，住持逸然闻其盛名，连续四次邀请隐元讲学。一片诚意之下，隐元携弟子于顺治十一年（公元1654）乘坐郑成功军的舰船动身，并于7月5日到达长崎。隐元的讲学，轰动了整个日本佛界，以至于受到了幕府将军德川家纲的接见。顺治十六年（公元1659），幕府把京都宇治一块土地赐给隐元修建寺院，隐元便仿照故乡福清黄檗（bò）山万福寺的样式，仍以之命名，开创了黄檗禅宗。在他的影响下，后水尾天皇、京都所司代板仓重宗等显贵先后皈依佛门，隐元禅师也被尊为“大光普照国师”。值得一提的是，今年是隐元圆寂350周年，德仁天皇加谥他为“严统大师”，足见其文化影响力之大。
兴福寺钟鼓楼。
中国一代高僧、日本黄檗宗宗祖隐元。
在顺治十六年正式居住在日本前，朱舜水就已7次访问过，主要是为南明求援。郑成功兵败后，深知复明无望的他决定留在日本。客居他乡的22年间，朱舜水反思明朝灭亡的原因，他认为中原士大夫难辞其咎，木必朽而后蛀生之，尤其是对八股取士深恶痛绝，认为这是士大夫堕落的根源：“父之训子，师之教弟，猎采词华，埋头哗哔，其名亦曰文章，其功亦穷年皓首，惟以剽窃为工，掇取青紫为志，谁复知读书之义哉！既而不知读书，则奔竞门开，廉耻道丧官以钱得，政以贿成，岂复识忠君爱国，出治临民！”在国破家亡的冲击下，朱舜水对传统的理学进行改造，认为治学应以实用为标准，这与国内提倡经世致用的顾炎武不谋而合。
南明铸造的大炮。
朱舜水在长崎的讲学同样备受推崇。像筑后柳川藩的家臣安东守约，朱舜水能成功留在日本，离不开他的资助，双方建立起了深挚的师生关系，并引起了水户藩主德川光圀（guó）的关注。康熙三年（公元1665），朱舜水受邀前往水户，受弟子礼，得以将自己的思想影响至日本统治者的核心圈。朱舜水一直重视历史研究，认为历史就是要宣扬忠君爱国，这就坚定了本已热衷学术的德川光圀修史的设想。以《大日本史》为中心的水户学派就此形成，德川光圀自己的史馆命名为“彰考”，取“彰往考来”之义。这部鸿篇巨作充斥着朱舜水的忠君思想，水户之学术实乃舜水之学术，成为了江户幕府精神上的掘墓人。
满清入关之初，局势十分动荡，明遗民仍是重要的反对力量，他们在民间的影响力尚在。因此康熙皇帝对他们采取怀柔政策，营造相对宽松的环境。
核心就是博学鸿儒。明遗民敌视满清，除了民族矛盾以外，还认为满清是文化上的蛮夷，若满清尊崇儒学，便可逐渐消除这种敌意。康熙十七年（公元1678），正值镇压三藩叛乱，朝廷颁布博学鸿儒：“凡有学行兼优、文词卓越之人，无论己仕未仕，著在京三品以上及科道官员、在外督抚布按，各举所知，朕将亲试录用。”
康熙对录取者委以重任，让他们悉数进入史馆编纂《明史》。这就给遗民内部制造了分化。修史对于那些一方面希图通过修史来探讨、总结明亡之原因、教训，同时对明朝还抱有眷恋之情的遗民们，无疑是最好的笼络与安抚。晚年的黄宗羲就动摇了对满清的敌意，本人虽拒绝征召，却支持弟子万斯同以布衣身份进入史馆。在诗文和书信中，正面性质的称呼比比皆是，在与徐乾学的信中就赞美康熙：“皇上仁风笃烈，救现在之兵灾，除当来之苦集。”和撰写《明夷待访录》时的他判若两人。
即使仍有人不愿为满清出仕，也仍不希望自己的后代出仕，顾炎武就说：“生子不能读书，宁为商贾百工技艺食力之流，而不可求仕。犹之生女不得嫁名门旧族，宁为卖菜佣妇，而不可为目挑心招，不择老少之伦。”但理想终究敌不过现实，时过境迁，后代们毕竟没有直接经历亡国之痛，对满清的仇视必然是减轻的，很难让他们继续过着穷困潦倒的生活，在承平年代就逐渐默默无闻了。
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