1399年4月，徐辉祖上疏朱允炆，请他处死自己的三个外甥。收到奏疏后，朱允炆急召黄子澄入宫，与徐辉祖商议。在说到朱高煦兄弟三人时，徐辉祖突然跪伏于地，挽着朱允炆的衣袖，厉声道：
“我的三个外甥中，唯有朱高煦勇悍无比，非但不忠于皇帝，也不忠于他的父亲，今日若不除去，日后必是大患。”
可是，黄子澄却坚决反对，他力劝朱允炆放朱高煦三人回北平。不久后，朱棣在北平起兵靖难，徐辉祖提兵北上击溃朱棣，救出命悬一线的李景隆，并在浦子口压制燕军，挡住朱棣的锋芒。然而，眦眦必报的朱棣却在攻入应天5年后，才将死敌徐辉祖逼死。那么朱棣为何不在称帝后就杀掉徐辉祖呢？他与徐辉祖之间究竟发生了什么？徐辉祖又为何劝谏朱允炆杀掉朱高煦呢？
“大义灭亲”的舅舅
徐辉祖是中山王徐达的长子。1384年，徐辉祖以功臣子弟的身份进入左军都督府，执掌军事。徐达病逝后，徐辉祖袭封魏国公爵位，在分驻常德、湖广等卫所时立有大功，赐一百二十人的护卫。
朱允炆册封皇太孙时，朱元璋大肆清洗开国勋贵。然而，徐辉祖作为徐达的嫡长子，却没有受到任何牵连。当时，朱元璋非常重视徐辉祖和李景隆，有意锻炼二人，将他们培养成拱卫朱允炆地位的大屏障。
在军营里，徐辉祖极受傅友德的信赖。跟随傅友德多年，徐辉祖学到了一身本领。1393年，徐辉祖与朱棣北上蒙元，生擒阿鲁帖木儿，功勋显赫。因此，徐辉祖受命掌控中军都督府。
此后多年，徐辉祖常常前往北平练兵备边。故而，他与三个外甥朱高炽、朱高煦、朱高燧非常熟悉。
朱元璋病逝后，朱允炆不顾徐辉祖的反对，执意采纳黄子澄、齐泰的建议，大力削藩。当时，藩王中实力最强的当属燕王朱棣。朱允炆采用“先易后难”的战术，废掉了周王朱橚、代王朱桂，逼死了湘王朱柏，并以北平布政使张昺暗中监察朱棣的动向。
朱棣虽有心反抗，却苦于没有力量，只能麻痹朱允炆。朱元璋病逝一周年之际，朱棣以病重为由，将自己的三个儿子全部派往应天，以示没有反叛之心。
朱高炽兄弟三人抵达应天后，齐泰就建议朱允炆将他们全数扣留，以此充当人质，防备朱棣发动叛乱。然而，朱允炆却犹豫不决。他与朱高炽、朱高煦自小相识，关系很好。尤其是朱高炽，对他更是礼敬有加。因此，朱允炆在此时犯了心软的毛病。
徐辉祖听说后，不顾甥舅之情，密奏朱允炆处死朱高炽兄弟，大义灭亲。在谈到朱高煦时，徐辉祖称他勇悍无比，日后必成大患。可是，黄子澄却坚决反对。而在朱允炆询问徐增寿和驸马王宁时，心向朱棣的二人当即劝说朱允炆放人。故而，在朱允炆的愚蠢操作下，朝廷不仅失去了钳制朱棣的人质，还将勇武的朱高煦完整地送还到北平。
压制朱棣
不久后，朱棣在北平起兵靖难。张昺、谢贵，相继被杀，北平九门沦为朱棣的掌中之物。朱允炆急调老将耿炳文北上，却在真定遭到朱棣的袭击，损失惨重。当时，朱允炆萌生了换帅的想法。在朱元璋后期，开国名将中只剩下耿炳文、郭英二人。耿炳文善守不善攻，郭英从未单独挂帅过。因此，朱允炆只能在第二代将领中寻找合适的人选。
徐辉祖早年四处练兵，曾深入草原袭击蒙元，战功赫赫。可徐辉祖与朱棣的关系亲密，作为朱棣的妻弟，徐辉祖难以受到朱允炆的完全信任。故而，黄子澄、齐泰共同推举李景隆挂帅，携兵50万伐燕。
然而，郑村坝一战，李景隆损兵折将，狼狈逃窜，犹如丧家之犬。当时，朝中大臣多举荐徐辉祖接替李景隆，却遭到了朱允炆的拒绝。他以李景隆无法完全掌控部队为由，再次将一心平叛的徐辉祖压制在应天。
1401年，李景隆在白沟河与朱棣展开决战。徐辉祖以李景隆轻敌为由，多次劝说朱允炆批准他带兵北上。可是，在得到朱允炆的允准之后不久，李景隆就兵败白沟河，损失兵马数十万，济南以北全境沦陷。若不是徐辉祖疾驰北上，击溃了追赶李景隆的燕军，李景隆必当命丧山东。
此战过后，朱允炆看清了李景隆的无能，将他弃用。在朱棣抵达灵璧齐眉山时，平安、何福相继战败。徐辉祖再次领兵北上，一战击溃朱棣，斩杀朱棣麾下大将李斌，迫使朱棣暂时退兵。
正当徐辉祖准备重整旗鼓，发起反攻时，他的弟弟徐增寿暗中私通朱棣的事情被激发。暴怒的朱允炆下令斩杀徐增寿，同时采纳朝中佞臣建议，将徐辉祖从前线调回，浪费了一次反击朱棣的绝佳机会。
而在徐辉祖返回应天后，平安、何福再次遭到朱棣的袭击。南军抵挡不住，任由朱棣一路南下，攻克泗州、扬州，兵临应天城下。在朱棣南下时，被徐辉祖斥为“祸患”的朱高煦一路旗开得胜，连战连捷，两次挽救朱棣的性命，堪称朱棣麾下的“良将”。朱允炆此时方才醒悟，多次在徐辉祖面前自责：“我后悔不听取你的意见啊。”
1402年，朱棣兵临浦子口。当时，朱允炆麾下皆是朱棣的手下败将，只有徐辉祖、盛庸尚且能够与朱棣一战。因此，守卫浦子口的统帅人选就落在了徐辉祖身上。徐辉祖不负众望，将朱棣死死地压制在浦子口一线，动弹不得。
然而，与徐辉祖共同防御浦子口的盛庸却在此时遭遇兵败，水师战舰沦为燕军俘虏，两面夹击徐辉祖。徐辉祖左支右绌，难以防备。而陆续加入战场的朱高煦又四处横冲直撞，打了徐辉祖一个措手不及。因此，徐辉祖支撑不住，朱棣得以过江。
朱棣兵临城下时，徐辉祖与常遇春的次子常升仍在顽强抵抗燕军。可是，李景隆、朱橞的叛变粉碎了他们最后的顽强。金川门大开，朱允炆火烧皇宫，朱棣入主应天。
自缢身亡
朱棣称帝后，对黄子澄、方孝孺等建文旧臣大肆屠戮。而没有被杀的朝廷勋贵则跪伏于朱棣麾下，甘当臣子，唯有徐辉祖对他不理不睬。自朱棣进入应天，徐辉祖就将自己关在祠堂，不见任何人，整日对着徐达的灵位痛哭。
数日后，朱棣宣召徐辉祖入宫。对他动之以情、晓之以理，劝说徐辉祖回心转意。可徐辉祖仍旧不为所动，直言不会拥戴朱棣。因此，朱棣将他打入大狱，剥夺了徐辉祖的爵位和俸禄。甚至萌生了诛杀徐辉祖的念头。
然而，徐辉祖毕竟是徐达的后人，又是朱棣的妻弟。他承袭魏国公爵位的同时，也拥有朱元璋颁发的免死铁券，故而勉强保下了性命。
可是，朱棣对劝说徐辉祖仍旧不死心，他将徐辉祖的姐姐徐皇后召回应天，命她劝说自己的弟弟。尽管徐皇后亲自登门拜访，徐辉祖依旧不愿臣服于朱棣。而朱棣万般无奈下，只好将徐辉祖圈禁在家，派遣锦衣卫昼夜把守。
1407年，徐皇后病逝。睚眦必报的朱棣终于露出了他狠毒的獠牙，在徐皇后死去不久，他就逼迫徐辉祖自尽，以报昔日的仇恨。
在接到朱棣赐死的诏书时，徐辉祖心如止水。5年来，他为大明、朱元璋、朱允炆流干了自己的泪水，早已百念皆灰。祭拜徐达后，徐辉祖仰天长叹，自缢身亡。对于朱棣来说，徐辉祖的死，还是来得太晚了一些。
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