纵观中国古代历史，设陪都的朝代并不少见，唐朝曾设有东都洛阳，北宋也曾设有西京河南府，明代也有陪都南京，但是明代陪都制度的独特之处就在于，除了在北京设有完整的行政机构之外，陪都南京也同样有一套行政机构，这在中国陪都史上是空前绝后的。那么，有两套行政制度一同运作，会不会矛盾？
一、两京制度的形成
中国古代王朝的定都趋势，有两个规律可循，第一个就是政治中心与经济中心的统一，如秦、汉、唐的都城都定于关中地区，但是五代以来关中疲敝，唐朝就有了就食东都的传统，到了北宋，都城就伴随着经济中心东移到了开封一带。经济中心与政治中心统一的规律进而引出了第二个规律，那就是政治中心伴随着经济中心的变动有着东移南迁的趋势。
朱元璋推翻元朝之后，初步将首都定于南京，这从中国古代的定都趋势来看是较为合适的。但是特殊的是，有明一带始终受到北方少数民族的威胁，将首都定于南方，对防御北疆极为不利，因此朱元璋生前就有过北迁都城的想法，他想迁都西安，为此还派太子朱标巡视西安，可惜朱标在巡视途中染上风寒不久便撒手人寰。晚年丧子的朱元璋顿时失去了折腾的心气，迁都之事便搁置下来。
影视剧中的朱元璋
明成组朱棣靖难之后，迁都又提上了日程。朱棣迁都有其私心，更有对整个国家战略防御的关怀。为自己，朱棣靖难之前，身为燕王镇守北庭，其势力多盘根于北京，南京不是自己的地盘；为国家，朱棣和老爹朱元璋出于同样的考虑，那就是对北方少数民族的忧虑，迁都北京可以将国家的整体战略防御重心移向北方，也就是所谓的“天子守国门，君王死社稷”。因此，朱棣在继位不久后便开始了修建北京城，好为日后的迁都做准备。
永乐十八年九月，朱棣“诏自明年改京师为南京，北京为京师”，同年十一月，朱棣发布迁都北京的诏令。南京不再作为首都，但是朱棣为了彰显自己遵循祖制，减缓迁都阻力，而将南京设为陪都，并在南京设立了一套与北京相同的行政机构。
二、两京制度下的南京
明代的《客座赘语》曾记载：“商迁五都，不别置员。周营洛邑，惟命保厘。汉、唐旧邦，止设京尹。宋于西京，仅命留守。保厘、京兆，即今府尹是已。未闻两都并建六卿如今日也。”这说明，明代的陪都南京与之前的陪都不同，南京设有与北京相同的行政机构，包括六部及其都察院在内的相同机构，但是天无二日，一个国家也不可能存在两个行政中心，也因此尽管南京有与北京相同的行政机构，但无论从机构人数上来看，还是职能范围与权力大小来看，南京都要屈服于北京。
首先是南京六部中的吏部，按照职能设定，吏部在六部之中的地位最高，掌管铨选大权，南京吏部名义上与北京吏部平等，但南京吏部并不负有铨选之责，就连南直隶的官员选调，南吏部都要咨请北吏部，南吏部对南直隶官员的管理主要集中在考察上面，但是考察结果同样要受北吏部的监督。
其次就是南户部，户部原本掌管天下财政，是妥妥的肥差，南户部虽然依然下辖十三清吏司，但基本已无权管辖十三布政司的财赋，仅仅掌管发放南京及南直隶的俸禄和监督运粮等事。
南京兵部的下场和吏部、户部相同，兵部原掌管铨选武官的职责，但北兵部设立之后，南兵部的诸多事宜都要咨请北兵部，这说明南兵部的权力依然受到了北兵部的制约。但是因为南兵部参与到了南京守备机务，其职责权力相较吏部与户部来说依然更大，这个留待稍后再说。剩下的六部还有刑部、工部与礼部等职责与权力，相应地都受到北京方面的制约。
可见南京虽然与北京设有同样的行政机构，但南京行政机构的权力远小于北京，而南京不仅权力极大地缩小，就连管辖范围基本上也被限定在了南京及其南直隶等地，根本无法触及其余十三布政司。换言之，南京的这套行政机构更像是南京及其南直隶的行政机构，而并非全国性质的，因此，尽管南、北两京两套行政机构并行不悖，但实质上只存在一个中央机构，那就是北京。
三、陪都并非摆设
正是因为南京的这套行政机构并没有什么实权，以至于有人调侃南京六部实为明代官员的贬谪与养老之地。如天顺初年，曹吉祥、石亨等人祸乱朝政，当时的御史耿九畴想要弹劾他们，但是耿九畴反而被曹、石二人排挤出京，担任江西布政使司，天顺帝朱祁镇看耿九畴年老体弱，遂把他派往南京担任刑部尚书，还说“遂其悠闲可也”，连皇帝都把南京视为悠闲之地。明代中后期的党争，党争失败的一方也往往被贬到南京。南京成了一个接纳失意官员的处所。
既然无权无地盘，那南京作为一个陪都，岂不就是一个摆设吗？
但是实际上，南京的职责并非人们想的那么简单，陪都的设置也远非摆设。明代迁都北京，实际上表明了政治中心与经济中心的分离。但是，为了控制南方这个广大的经济腹地，必须要设立一个重镇来钳制一方，这个重镇便是南京。尽管南京六部以及都察院是闲职，但明廷却在南京设置了一套独特的领导班子来控制南京，这套行政班子又称守备体制。
南京的守备体制一共分为三部分，第一部分为南京守备武臣，是南京守备厅的最高长官，同时设南京协同守备武臣一名，两个职务合成为外守备。南京守备武臣同时兼管中军都督府事，节制南京诸卫所，并且从永乐年间开始，南京守备武臣就多有带公、侯、伯等爵位的勋臣及其后代担任，协同守备武臣从景泰年间开始也多由勋臣担任，可谓是位高权重。
南京守备体制的剩下两部分，分别为南京守备太监和南京参赞机务，守备太监多由皇帝心腹担任，可一人也可多人，负责充当皇帝耳目，监督诸事；南京参赞机务多由南京六部尚书中的一人担任，起初是由户部尚书担任参赞机务，但成化二十二年之后，就改由兵部尚书担任参赞机务，南京兵部尚书正因为参赞机务的职务，因此较其他部分权力更大一些。
南京守备武臣、南京守备太监与参赞机务各有分工，权力上相互制约、相互监督，遇有重要事宜，便在守备厅会议上碰头，因此南京守备体制实际上就是一种集体领导制。这在史书上记载的很清楚：“凡守备一应机务，每日会同参赞等官，于守备厅署理毕，仍理府事。凡每月朔望日，守备、参赞等官，及各府堂上官，会同内守备官，议合行事务。”
明朝统治者深知，一个统一的国家不可能存在两个政治中心，因此尽管南京拥有一套与北京相同的行政机构，但并无实权，但是为了控制广大的江南经济腹地，明朝统治者又不得不倚重南京。为了避免两个政治中心的出现，明朝统治者绕开了原有的行政体制，创新地设立了南京守备体制，南京诸多事务基本决于南京守备厅，这样既避免了南京六部势力过大，又较好地控制了江南等广大腹地。从这个角度而言，陪都南京绝非摆设，而是有独特功用。
南京城墙
综述
明代统治者创新性地设立了南京作为陪都，既是基于维护国家统一的需要，也是政治家们统御全国的智慧所在。自永乐之后，一直要到崇祯帝吊死在煤山，弘光帝在南京建立起了南明朝廷，南京的行政地位才算真正改变，南京的六部才又变回了真六部，但此时的大明王朝已是风雨飘摇，不多久满清铁骑便攻下了南京，大明王朝的两个首都，不分彼此，统统落入了敌手。
